• Vụ
• Văn phòng
• Cục chuyên ngành
• Đơn vị sự nghiệp công lập.

Việc thành lập các vụ, cục thuộc tổng cục áp dụng các tiêu chí như đối với thành lập vụ, cục thuộc Bộ. Không thành lập phòng trong vụ thuộc tổng cục.

Đối với tổng cục được tổ chức theo hệ thống ngành dọc, việc thành lập cục, chi cục ở địa phương được quy định tại quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của tổng cục.